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      2. 2024 11/12 17:57:43
        來源:新華網

        中美團隊開發高精度生命全景時空算法工具

        字體:

          杭州華大生命科學研究院聯合美國斯坦福大學、我國武漢大學等高校和科研機構,開發出高精度生命全景時空算法工具“Spateo”,使空間轉錄組學技術能夠精細地重構器官三維結構,系統地量化基因和細胞的時空動態過程。相關論文11月12日在國際學術期刊《細胞》上發表。

          圖為高精度生命全景時空算法工具“Spateo”整體功能示意圖。(杭州華大生命科學研究院供圖)

          論文通訊作者之一、杭州華大生命科學研究院白寅琪博士介紹,空間轉錄組學技術能夠準確反映細胞的空間排布和RNA的原位表達,是生命科學研究的重大技術創新,但使用這種技術所產生的大量原始數據,仍需要結合算法工具進行處理、分析,才能找到在空間分布上具有意義的細胞和基因表達。

          “此前的算法工具大多側重于空間原位信號的可視化,但缺乏系統性分析數據的方法。這是我們進行新型工具研發的原因?!卑滓髡f。

          據介紹,研究團隊此次開發出的算法工具采用數學建模方式,具備三維重建、區域數字化、細胞間相互作用推斷、宏觀組織與微觀基因關聯以及用于交互式操作的可視化界面等功能。

          為驗證性能,研究團隊以小鼠胚胎和果蠅發育的研究為例,探索了三維空間中隨時間變化的器官生態形成機制,并構建了小鼠胚胎發育的“3D分子全息圖”。

          “新工具將顯著提高科研人員對發育過程中器官形成的理解,幫助科研人員進一步從時間和空間維度上認知基因、細胞,為推進胚胎發育、腦科學、疾病等多個領域的研究提供支撐?!卑滓髡f。(記者朱涵)

        【責任編輯:陳青】
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